登記簿上と測量図上の面積が違うことは良くあります。これはその土地自体の長い取引の歴史や測量技術の変化（昔は縄で行っていた）等が原因で違いが出てしまっているのです。面積が違うことにより売却する上で問題になるのか？についてですが、結論から言えば特に問題はありません。

売買契約の中では、面積の確定方法を次の二通りから選択することになっています。一つは、登記簿上の面積を前提にして契約を完結する方法。もう一つは、売買契約時には暫定的に登記簿上の面積で契約をしておいて、その後の測量の結果により増減を精算する方法です。元々の面積の違いが大きい場合や測量によって大きな違いが出てきそうな場合を除いて一般的には前者の登記簿上の面積を前提に売買契約を完結するケースが多いです。

また、測量によって出てきた正しい面積に登記簿上の面積を合わせることも出来ます、これを地積更正登記といいます。

ちなみに、固定資産税というのは登記簿面積を元に税額が決定されていますので、測量面積の方が登記簿面積よりも小さい場合には、本来の正しい税額より多く支払っていることになります。そんな時には、測量と地積更正登記を行うことにより（コストは掛かりますが）翌年から正しい税額に変更してもらえます。ただし、過去に遡って多く支払ってきた税金の返金を求めても、それには応じてもらえません。